尽管农业部对查处转基因违规商业化的结果还未对外公开，但多种信息表明，农业部方面正在对包括转基因种子在内的种子质量问题进行严格抽查，而存在问题的企业则难以避免处罚。
经济观察网刚刚从农业部种植管理司获悉，13家种子企业因经营种子质量问题将受到处罚。 
    在13家企业中，辽宁铁旭种业科技有限公司被吊销种子生产经营许可证、山东洲元种业股份有限公司暂停种子生产经营活动。
北京龙耘种业有限公司经营、北京中农作科技发展有限公司、河北金科种业有限公司、巴彦淖尔市农业科学院农业新技术开发应用中心、张掖市德农种业有限公司、宁夏科丰种子有限公司、宁夏王太科技种业有限公司、宁夏连湖农业发展有限责任公司、宁夏农垦贺兰山实业有限公司农牧场农业分公司、湖南北大荒种业科技有限责任公司、重庆西农种业有限公司等被限期整改。
据一位种子专家透露，农业部是从去年底开始，对玉米、水稻主产区种子企业生产经营的杂交玉米、杂交水稻种子质量进行抽查。在历时半年多的抽查过程中，上述13家企业由于经营种子质量问题未能过关。农业部方面方面要求不合格企业限期进行整改。对整改无效、仍然存在问题的企业，将重新审查其种子生产经营资格。 
   前述专家还透露，被查处的种子方面存在的问题是，“玉米种子不合格主要是品种纯度差，自交苗偏多，水稻种子不合格主要是，品种纯度差，不育株偏多”，“存在质量问题的种子与转基因基本没有关联”。
6月中旬经济观察报曾独家披露，在对目前国内市场疑似转基因水稻、玉米品种进行严格抽查之后，农业部将在未来两三个月内，发布查处违规销售、种植转基因种子的公告。